Как сообщалось, 28 января 2009 года президент Украины Виктор Ющенко назначил Хорошковского первым заместителем председателя Службы безопасности. 18 марта 2009 года Хорошковский назначен руководителем Антитеррористического центра при СБУ.
В марте 2009 года Верховная Рада Украины утвердила Наливайченко председателем СБУ. До этого Наливайченко исполнял обязанности главы СБУ с декабря 2006 года.
С 1 марта 2010 года в связи с отпуском Наливайченко Хорошковский временно исполнял обязанности главы СБУ.